口腔细菌，严格来讲应被称作口腔“微生物”，因为栖息在口腔里的不止有细菌，还有病毒、真菌等，但确实人们更习惯将口腔微生物群称为口腔菌群（oral flora）。
口腔菌群细菌种类相当繁多，大致有700余种，数量更是不计其数。
这些细菌都属于口腔常驻居民，其中数量占优势的被称为正常菌群（normal flora）或固有菌群。它们与宿主的关系较为稳定；而其中数量不占优势的可在特定条件下显著增加，转化为有致病作用的增补菌群；而来源于饮食中的细菌，仅可短暂存在于口腔中，被称为暂时菌群。它们在口腔中不具备竞争优势，但如果进入肠道则可能成为致病菌。
当口腔菌群与口腔器官和平共处时，它们不仅不会给人们带来疾病，而且恰恰可以作为防御各种病原体入侵的天然生物屏障；然而当这一平衡被打破平时，某些类别的细菌就会称王称霸，从而成为特定口腔疾病的致病因素。事实上，很多口腔常见病病，如蛀牙、牙周炎、口腔黏膜病等，本质上都与口腔菌群失调有关。因此，嘴巴里有菌不可怕，可怕的是某些细菌一家独大。
口腔菌群不是口腔以外其他器官的固有菌群，但可能通过菌血症等方式对全身健康产生不利影响。目前已发现，口腔菌群与胃肠道系统疾病、神经系统疾病、内分泌系统疾病、免疫系统疾病、心血管系统疾病等多种疾病均存在一定联系。
牙周致病菌即可对诸多病理过程产生影响，因此糖尿病与牙周炎具有双向关系，互为危险因素。
